بنا بر تقریر امام خمینی از این نظریه،ولایت مطلقه فقیهان همان ولایتی است که خداوند به پیامبر و امامان واگذار کرده و از مهم ترین احکام الهی است و بر همه احکام الهی تقدم دارد.اختیارات حکومت محصور در چهارچوب احکام الهی نیست.
با این که در قلمرو فقه شیعه اختیارات ولی فقیه به تدریج گسترش یافت و از ولایت در امور حسبیه به ولایت عامه و سپس به ولایت مطلقه توسعه یافته،ولی معنای ولایت تغییر نکرد،یعنی اولویت،تصرف،تصدی و قیام فقیه به شئون غیر.نکته مهم این است که مراد از ولایت در نظریه ولایت فقیه همان ولایت شرعی و فقهی است.[۲۸]
به این معنا که عقل و صوابدید ولی مبنای اداره جامعه است و نه لزوماً خواست و اراده مردم.اوست که مصلحت مردم را بهتر از خودشان تشخیص می‌دهد .به نظر می‌رسد این مفهوم که در اساس در فقه خصوصی معنا و مفهوم یافت و فقیهان اسلامی آن را نظریه پردازی کردند،وارد فقه عمومی نیز شده است.همین انتقال مفهومی بدون توجه به ویژه گیهای هر کدام از این دو حوزه موجب شده است که تصور شود مفهوم ولایت در فقه یا حقوق خصوصی دارد عینا در حقوق عمومی نیز جریان می‌یابد.نکته مهم دیگر آن است که این نظریه در قانون اساسی جمهوری اسلامی با پذیرش نسبی و محدود مراجعه به افکار عمومی تعدیل شده است.شور در امور از طریق مراجع رسمی و نارسمی و تصمیم گیری در آن موارد جز در آنچه به اختیار رهبری نهاده شده است.نشانه هایی اند قانون اساسی را به سندی چند بندی و تجمیعی از جهت نظریه های اسلامی و عرفی تبدیل کرده‌است.[۲۹]
با توجه به آنچه گفته شد،ولی فقیه کانون اصلی اقتدار در جمهوری اسلامی است،و حوزه اختیارات او گسترده و بر اساس نظریه ی بنیادین آن،مافوق قانون است.به این ترتیب ،هر چند دیدگاه استادان حقوق اساسی و اندیشمندان حقوقی و سیاسی در محدود بودن اختیارات ولی فقیه به آنچه در قانون اساسی آمده،موافق اصول حقوق عمومی و منطق اصل محدود کردن اختیارات نهادهای عمومی به موارد مصرح قانونی است،از آن جا که بر اساس اندیشه‌های فقهی شکل گیری قانون اساسی مشروعیت همه این نهادهای حقوقی و حکومتی به ولی فقیه است،صاحبان این نظریه نمی توانند خود را محدود به قانون کنند.
اگرچه جرم انگاری در قانون اساسی از وظایف قوه مقننه است،باز هم نهادهای دیگر با توسل به بنیادهای آن نظریه خود را محق به اقدام در این مورد می بینند.[۳۰]از پیامدهای دیگر این نظریه آن است که مبنای مشروعیت هر نوع جرم انگاری تأیید شورای نگهبان یا تصویب مجاری و نهادهای قانونی وابسته به رهبری مانند مجمع تشخیص مصلحت نظام است،حتی اگر برخی احکام شرعی یا قواعد کلی فقهی مانند لاضرر نادیده گرفته شده باشد.
در این اندیشه حفظ نظام اسلامی بر دیگر منافع و مصالح فردی و عمومی برتری دارد،تا جایی که مواردی مصلحت عمومی به تدریج و در عمل به مصلحت نظام فرو کاسته شده است.همچنان که می توان گفت که تا اندازه ای بسیاری امنیت محور و نظم مدار است .البته ریشه این امر در ارزش مندی و اهمیت فراوانی است که این نظریه به قدرت سیاسی و دولت برآمده از آن قائل است.نخست یه این دلیل که بدون آن نمی توان بقیه اجزای نظریه را آن گونه که در باب اصل مصلحت فقیهان اسلامی از رفتارها را که شرع حکم آشکاری برای آن ندارد با نظریه مصلحت یا نفع عمومی پر کرداه اند،یعنی دولت در این محدوده که به استناد نظریه های «سیاست شرعیه» یا «احکام سلطانیه»[۳۱] مجاز به قانونگذاری و اقدام شده است بر اساس رعایت نفع عمومی یا مصلحت از سوی دولت اسلامی اقدام می‌کند.
در این نظریه ها جایی مستقل برای آزادی ها و حقوق فردی باز نشده و این بخش از معادله ی زندگی اجتماعی از تیررس نظریه پردازان اسلامی دور افتاده است.همین غفلت راه را بر برتری حقوق دولت و اهمیت حفظ نظام سیاسی و نفع عمومی که به تدریج به نفع هیات های حاکمه در کشورهای اسلامی کاهش یافته گشوده است.
از آنجا که بر اساس این نظریه پدرسالاری حکومت در برخی از حوزه های اجتماعی از ویژه گی های عمده ان است.می توان پذیرفت که این پیامد با توجه به گستردگی اختیارات به ویژه در شرایطی که ملاک معتبری برای تشخیص مصلحت مردم در دست نداریم ،راه را بر توسعه حقوق کیفری باز می‌گذارد.از شاخص های این توسعه نیز نفوذ دادن ممنوعیت های کیفری به حوزه ای از آزادی های فردی است که بر اساس این اندیشه مردم نمی توانند خیر و صلاح خویش را در آن تشخیص دهند.پس ارکان حکومت بنا بر مشروعیت کلی ای که برای مداخله دارند می‌توانند این آزادی ها را محدود کنند.
در این اندیشه به منزله حکم اولی رأی مردم و خواست و عقیده عمومی در سیاست ها،برنامه ها و تصمیم ها بی تاثیر است.به تدریج و بنا بر ضرورت و اضطرار[۳۲] برای تقویت مقبولیت و کارآمدی آن اندیشه تعدیل شد.قانون اساسی ماحصل آن اندیشه تعدیل شده است که در کنار مضامین و آموزه های ولایت مطلقه ی فقیهان کوشیده است به گونه ای اندیشه ها و آموزه های سیاسی و حقوقی دنیای جدید را با اقتباس از غرب در خود جای دهد .
وجود و کیفیت کار نهاد های انتخابی حاصل اندیشه‌های جدید است.با این که پاره ای از این اصول مبنای شرعی و اسلامی نیز دارند،ولی برخی دیگر را به راحتی به ویژه بر اساس قرائت رسمی از دین و بر پایه ی نظریه گفته شده نمی توان توجیه کرد.
آنچه در عمل روی داده این است که در مقام تزاحم میان ارزش‌ها،هدف ها،و وسیله های جمع شده در قانون اساسی به دلیل استواری و شکل گیری نظام سیاسی بر پایه ی اندیشه فقهی گفته شده به طور معمول برد با آموزه های نظریه فقهی حاکم و رسمی بوده است.
حال اگر نظریه های دیگران مانند وکالتی بودن حکومت اسلامی را اختیار کنیم به موجب آن ها حکومت به مثابه امانت[۳۳] در دست حاکمان است،به مراتب اختیار حاکم و دولت کمتر می شود.
آنچه گفته شد با تأکید بر مبانی فقهی نظریه دولت گزینش شده در جمهوری اسلامی بود که به گونه ای در قانون اساسی و رویه و عمل نهاد های حکومتی خود را نشان داده است.این نظریه بخشی از یک قرائت رسمی از دین است که در جمهوری اسلامی پذیرفته شده که ویژگی ها و آثار دیگری هم دارد.اما سوال اصلی و اساسی دیگری نیز مطرح می شود و ان اینکه آیا در این نظریه متون شرعی تنها منبع و مرجع جرم انگاری است یا قاضی نیز چنین حقی دارد؟آیا جمهوری اسلامی امکان جرم انگاری را به قاضیان به صورت عملی داده است یا خیر؟
